本校設置「高教深耕計畫管考委員會」，執行本計畫進度評核、績效評估及經費稽核等管考工作。委員會成員由總稽核、主任秘書、會計主任及教師代表組成，每季召開會議定期追蹤各主軸計畫之各子計畫之執行進度並評估其量質化績效指標達成情形，同時針對計畫經費使用情形進行稽核。會議相關計畫管考決議或建議，由高教深耕計畫辦公室通知各權責單位進行改善作業，並於下季會議追蹤。為確保預期目標之充分落實，執行過程將聘請學術界及產業界之校外委員進行校內自評，協助評核計畫執行成效，俾提供回饋意見供各執行單位做為計畫執行調整之參考。管考機制如下圖所示。